DNA的基本元素包括腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)和脱氧尿嘧啶(dU),然而目前还无法从单碱基分辨率水平上检测dU,严重影响了对dU功能的理解。近期,我国科学家研发出在单碱基分辨率水平上精准检测dU的新技术,研究成果发表在《Journal of the American Chemical Society》期刊,标题为“UdgX-Mediated Uracil Sequencing at Single-Nucleotide Resolution”。

该方法被命名为Ucaps-seq法(UdgX cross-linking and polymerase stalling sequencing)。研究人员利用从耻垢分枝杆菌中发现的新型糖苷酶UdgX,特异性地识别和切除DNA中的dU,形成的缺口与对应的核糖形成共价键,从而将其捕获。由于DNA高保真聚合酶碰到UdgX标记的dU缺口能原地“停车”,研究人员利用的DNA高保真聚合酶这一特性进一步确认了dU的位置。最后,结合高通量测序技术将“停车”信号放大,从而在单碱基水平上精准定位dU在DNA乃至基因组上的位置。

Ucaps-seq法是国际上第一个酶法检测DNA中的dU碱基的技术,灵敏性好、特异性强、分辨率高,将大大推进核酸序列检测、遗传密码破译和人类对核酸的认知。

注:此研究成果摘自《Journal of the American Chemical Society》期刊原文章,文章内容不代表本网站观点和立场,仅供参考。

论文链接:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.1c11269